Una cuenca hidrográfica capta, almacena y suministra agua que alimenta las quebradas, ríos y el mar. Es lo más parecido a un depósito natural de agua donde al mismo tiempo desembocan gran cantidad de ríos.
Las áreas donde están ubicadas las cuencas hídricas se convierten en un hábitat propicio para el desarrollo de la flora y la fauna, ya que el agua es el elemento vital para el desarrollo de ecosistemas.
Además de la función ecológica que cumplen, las cuencas hídricas tienen una función socioeconómica. Son la principal fuente de agua dulce de los humanos. Suministran recursos naturales para el desarrollo de actividades productivas que dan sustento a la población, como la agricultura, la ganadería, la generación eléctrica y la regulación de flujos y control de inundaciones, entre otras.
Los recursos hídricos que posee el país son envidiables. Tiene 500 ríos principales: 350 en el Pacífico y 150 en el Caribe. Y a pesar de que el agua es vital para el desarrollo de las actividades humanas, las operaciones del Canal, la agricultura y la producción de energía no es muy valorada. De las 52 cuencas hidrográficas, es decir, unas 45 se hallan amenazadas.
Principales cuencas hidrográficas de Panamá
| Nombre | Provincia | Superficie (km2) |
| Tuira-Chucunaque | Darién | 13.400,00 |
| Bayano | Panamá | 5.291,50 |
| Changuinola-Teribe | Bocas del Toro | 2.991,90 |
| Santa María | Veraguas-Coclé-Herrera | 3.079,30 |
| Chagres, Ciri Grande, Trinidad, Gatún | Panamá-Colón | 3.315,20 |
| Grande-Chico | Coclé-Veraguas | 2.381,90 |
| Chiriquí | Chiriquí | 2.063,90 |
Cuencas Hidrográficas
| N° de Cuenca | Nombre del Río | Área total de la cuenca(Km2) | Longitud del Río(Km) | Río principal de la Cuenca |
| 87 | Río Sixaola * | 509.4 | 146 | Sixaola |
| 89 | Ríos entre el Sixaola y Changuinola | 222.5 | 37.3 | San San |
| 91 | Río Changuinola | 3202 | 110 | Changuinola |
| 93 | Ríos entre Changuinola y Cricamola | 2121 | 51.9 | Guariviara |
| 95 | Río Cricamola y entre Cricamola y Calovébora | 2364 | 62 | Cricamola |
| 97 | Río Calovébora | 485 | 39 | Calovébora |
| 99 | Ríos entre Calovébora y Veraguas | 402.2 | 44.8 | Concepción |
| 100 | Río Coto y Vecinos * | 560 | 52 | Palo Blanco |
| 101 | Río Veraguas | 322.8 | 46 | Veraguas |
| 102 | Río Chiriquí Viejo | 1376 | 161 | Chiriquí Viejo |
| 103 | Río Belén y entre R. Belén y R. Coclé del Norte | 817 | 55.6 | Río Belén |
| 104 | Río Escárrea | 373 | 81 | Escárrea |
| 105 | Río Coclé del Norte | 1710 | 75 | Coclé del Norte |
| 106 | Río Chico | 593.3 | 69 | Chico |
| 107 | Ríos entre Coclé del Norte y Miguel de la Borda | 133.5 | 14.2 | Platanal |
| 108 | Río Chiriquí | 1905 | 130 | Chiriquí |
| 109 | Río Miguel de la Borda | 640 | 59.5 | Miguel de la Borda |
| 110 | Río Fonseca y entre R. Chiriquí y Río San Juan | 1661 | 90 | Fonseca |
| 111 | Río Indio | 564.4 | 92 | Indio |
| 112 | Ríos entre el Fonseca y el Tabasará | 1168 | 67 | San Félix |
| 113 | Ríos entre el Indio y el Chagres | 421.4 | 36.9 | Lagarto |
| 114 | Río Tabasará | 1289 | 132 | Tabasará |
| 115 | Río Chagres | 3338 | 125 | Chagres |
| 116 | Ríos entre el Tabasará y el San Pablo | 1684 | 56.5 | Caté |
| 117 | Ríos entre el Chagres y Mandinga | 1122 | 34.1 | Cuango |
| 118 | Río San Pablo | 2453 | 148 | San Pablo |
| 119 | Río Mandinga | 337 | 41.3 | Mandinga |
| 120 | Río San Pedro | 996 | 79 | San Pedro |
| 121 | Ríos entre el Mandinga y Armila | 2238 | 26.5 | Cartí |
| 122 | Ríos entre el San Pedro y el Tonosí | 2467 | 40.4 | Río Quebro |
| 124 | Río Tonosí | 716.8 | 91 | Tonosí |
| 126 | Ríos entre el Tonosí y La Villa | 2170 | 45 | Guararé |
| 128 | Río La Villa | 1284.3 | 117 | La Villa |
| 130 | Río Parita | 602.6 | 70 | Parita |
| 132 | Río Santa María | 3326 | 168 | Santa María |
| 134 | Río Grande | 2493 | 94 | Río Grande |
| 136 | Río Antón | 291 | 53 | Río Antón |
| 138 | Ríos entre el Antón y el Caimito | 1476 | 36.1 | Chame |
| 140 | Río Caimito | 453 | 72 | Caimito |
| 142 | Ríos entre el Caimito y el Juan Díaz | 383 | 6 | Matasnillo |
| 144 | Río Juan Díaz y entre Río Juan Díaz y Pacora | 322 | 22.5 | Juan Díaz |
| 146 | Río Pacora | 388 | 48 | Pacora |
| 148 | Río Bayano | 4984 | 215 | Bayano |
| 150 | Ríos entre el Bayano y el Sta. Bárbara | 1270 | 22.4 | Chimán |
| 152 | Río Sta. Bárbara y entre Chucunaque | 1796 | 78.1 | Sabanas |
| 154 | Río Chucunaque | 4937 | 215 | Chucunaque |
| 156 | Río Tuira | 3017 | 127 | Tuira |
| 158 | Río Tucutí | 1835 | 98 | Tucutí |
| 160 | Ríos entre el Tucutí y el Sambú | 1464 | 23.9 | Marea |
| 162 | Río Sambú | 1525 | 80 | Sambú |
| 164 | Ríos entre el Sambú y el Juradó | 1158 | 46.7 | Jaqué |
| 166 | Río Jurado * | 91.2 | 63 | Juradó |
- Cuencas Internacionales.
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