Una cuenca hidrográfica capta, almacena y suministra agua que alimenta las quebradas, ríos y el mar. Es lo más parecido a un depósito natural de agua donde al mismo tiempo desembocan gran cantidad de ríos.
Las áreas donde están ubicadas las cuencas hídricas se convierten en un hábitat propicio para el desarrollo de la flora y la fauna, ya que el agua es el elemento vital para el desarrollo de ecosistemas.
Además de la función ecológica que cumplen, las cuencas hídricas tienen una función socioeconómica. Son la principal fuente de agua dulce de los humanos. Suministran recursos naturales para el desarrollo de actividades productivas que dan sustento a la población, como la agricultura, la ganadería, la generación eléctrica y la regulación de flujos y control de inundaciones, entre otras.
Los recursos hídricos que posee el país son envidiables. Tiene 500 ríos principales: 350 en el Pacífico y 150 en el Caribe. Y a pesar de que el agua es vital para el desarrollo de las actividades humanas, las operaciones del Canal, la agricultura y la producción de energía no es muy valorada. De las 52 cuencas hidrográficas, es decir, unas 45 se hallan amenazadas.
Principales cuencas hidrográficas de Panamá.
| Nombre | Provincia | Superficie (km2) |
| Tuira-Chucunaque | Darién | 13.400,00 |
| Bayano | Panamá | 5.291,50 |
| Changuinola-Teribe | Bocas del Toro | 2.991,90 |
| Santa María | Veraguas-Coclé-Herrera | 3.079,30 |
| Chagres, Ciri Grande, Trinidad, Gatún | Panamá-Colón | 3.315,20 |
| Grande-Chico | Coclé-Veraguas | 2.381,90 |
| Chiriquí | Chiriquí | 2.063,90 |
Cuencas Hidrográficas
Vertiente del Caribe
- Cuenca del río Changuinola
- Cuenca del río Cricamola
- Cuenca del río Calovébora
- Cuenca del río Veraguas
- Cuenca del río Indio
- Cuenca del Canal de Panamá (Parte desemboca al Caribe, otra al Pacífico)
- Cuenca del río Chagres (fundamental para el Canal)
- Cuenca del río Boquerón
Vertiente del Pacífico
- Cuenca del río Chiriquí Viejo
- Cuenca del río San Félix
- Cuenca del río San Pablo
- Cuenca del río Tabasará
- Cuenca del río Santa María
- Cuenca del río La Villa
- Cuenca del río Parita
- Cuenca del río Grande
- Cuenca del río Caimito
- Cuenca del río Pacora
- Cuenca del río Chepo
- Cuenca del río Bayano
- Cuenca del río Tuira (la más extensa del país)
- Cuenca del río Balsas
- Cuenca del río Jaqué
Cuencas binacionales (compartidas con Colombia o Costa Rica)
- Cuenca del río Sixaola (con Costa Rica)
- Cuenca del río Atrato (con Colombia, aunque en Panamá solo afecta áreas del Darién)
Dato adicional: Panamá tiene 52 cuencas hidrográficas principales, según la clasificación de la Autoridad Nacional del Ambiente (hoy Ministerio de Ambiente), divididas en:
- 19 cuencas en la vertiente Caribe
- 30 cuencas en la vertiente Pacífico
- 3 cuencas binacionales